Durante dos décadas la investigación estuvo marcada por gravísimas irregularidades, desde la desaparición de pruebas clave, falsos testimonios y pistas inverosímiles. Tampoco estuvo exenta de maniobras de los gobiernos de turno, que muchas veces quisieron sacar tajada de la tragedia.
De hecho, dentro de poco serán juzgados como responsables de presuntas irregularidades para encubrir a los autores de la masacre el ex presidente Carlos Menem (1989-1999), un ex juez federal y dos ex fiscales federales que investigaron el atentado desde el comienzo, un ex jefe de inteligencia y hasta un ex líder de la comunidad judía.
Fue el propio Nisman quien imputó a Menem, al ex juez federal Juan José Galeano, a los ex fiscales Eamon Mullen y José Barbaccia y al ex titular de la SIDE Hugo Anzorreguy y al ex presidente de una organización judía, Rubén Beraja, por encubrimiento. Aún no se ha fijado fecha para celebrar el juicio oral. El ex mandatario niega los cargos en su contra.